Tutkijoille

FFPE-kudosnäytteet

Patologian siirretyissä aineistoissa on 1 800 000 patologian kudos- ja solunäytettä vuodesta 1979 syksyyn 2013. Aineisto kattaa silloisen PPSHP:n, LSHP:n, LPSHP:n, Kainuun ja Soiten (Keski-Pohjanmaan) näytearkistot.

FMC-seeruminäytteet 

Finnish Maternity Cohort (FMC) -kokoelma sisältää yli 2 miljoonaa suomalaisilta äideiltä kerättyä raskaudenaikaista verinäytettä. FMC- aineisto siirrettiin julkisella tiedonannolla Biopankki Borealikseen keväällä 2017. FMC-aineiston näytteisiin perustuen on julkaistu satoja tieteellisiä artikkeleja ja väitöskirjoja vuodesta 1985 lähtien.

Prospektiivisten verinäytteiden kokoelmat 

Uusien biopankkisuostumusten myötä jatkuvasti kerättävät verinäytteet (seerumi, plasma).

DNA- näytteet ja genomitieto 

Verinäytteistä eristetty DNA ja määritetty GWAS-sekvenssi osana FinnGen- projektia (http://www.finngen.fi) ovat kaikkien tutkijoiden käytettävissä biopankkien kautta.

Muut näytteet 

Biopankki kerää tuorekudosta syöpänäytteistä, syöpäpotilaiden nestebiopsiaverinäytteitä ja likvornäytteitä.

Aineistojen esikartoitukseen voidaan ryhtyä jo tutkimuksen varhaisessa vaiheessa. Tutkijoilla on mahdollisuus kerätä projektikohtaisesti muita näytemateriaaleja yhteistyössä biopankin kanssa esim. tautiryhmäkohtaisesti.

1. Kun on olemassa alustava suunnitelma tutkimusasetelmasta ja haluat tietää, onko biopankissa materiaalia, jota voisit hyödyntää tutkimuksessasi, täytä esiselvityspyyntö FINGENIOUS®- palvelussa. Voit olla myös suoraan yhteydessä biopankki Borealikseen:  Biopankki@pohde.fi
2. Esiselvityksen jälkeen tehdään varsinainen näyte- ja tietoluovutushakemus samassa FINGENIOUS®- palvelussa. Autamme mielellämme hakemuksen teossa.
3. Biopankin tieteellinen toimikunta käsittelee luovutuspyynnön kokouksessaan, joita pidetään noin kerran kuukaudessa. Tieteellinen toimikunta arvioi erityisesti tutkimuksen tieteellisen tason, merkittävyyden ja eettisyyden sekä pyydetyn aineiston koon suhteessa näytteiden määrään ja näytteiden valinnan kriteerit. Tieteellisen toimikunnan lausunnon perusteella tutkimus- ja opetusjohtaja tekee päätöksen aineiston luovuttamisesta.
   Myönteisen päätöksen jälkeen aineiston luovutuksesta tehdään tutkijan taustaorganisaation kanssa luovutussopimus (MTA, Material transfer agreement), jonka allekirjoituksen jälkeen näytteet ja tiedot voidaan luovuttaa.
4. Tutkimuksen päätyttyä näytteet, näytteistä analysoidut tulokset sekä muu näytteisiin liittyvä tieto palautetaan biopankkiin luovutussopimukseen kirjatun mukaisesti. Tutkimuksen tulokset on myös julkaistava tutkimuksesta riippuen esimerkiksi alan tieteellisessä lehdessä.
5. Mikäli Pohteen kliinikko poimii itse kliinisen tiedon sairaalan potilastietojärjestelmästä biopankkiprojektiin, tulee projektille olla Pohteen tutkimuslupa. Lisäksi biopankin toimesta tehdään hakemus tietojen luovutuksesta biopankin näyte- ja tietorekisteriin.

Tieteellisessä toimikunnassa on edustettuna laaja-alaisesti lääketieteellistä asiantuntemusta. Toimikunta voi myös pyytää ulkopuolisia asiantuntijalausuntoja.  Tieteellisen toimikunnan kokoonpano:

Puheenjohtaja 

Minna Ruddock, dosentti, tutkimusjohtaja, NFBC (varalla Juha Auvinen, professori, NFBC)

Jäsenet 

• Outi Uimari, dosentti, erikoislääkäri, Pohde (varalla Elina Keikkala, LT, yliopistotutkija, erikoislääkäri, naistentaudit ja synnytykset, Pohde ja Oulun yliopisto)
• Jukka Moilanen, professori, ylilääkäri, OYS Genetiikka, Pohde (varalla Outi Kuismin, LT, apulaisylilääkäri, perinnöllisyyslääketiede, Pohde)
• Juha Väyrynen, dosentti, yliopistotutkija, erikoislääkäri, Pohde ja Oulun yliopisto
• Joonas Kauppila, professori, kirurgia, Pohde (varalla Juha Saarnio, professori, gastrokirurgia, Pohde ja Oulun yliopisto)
• Mirva Saaranen, dosentti, Biokemian ja molekyylilääketieteen tdk, Oulun yliopisto (varalla Peppi Karppinen, professori, dekaani, Biokemian ja molekyylilääketieteen tdk, Oulun yliopisto)
• Jenny Joutsen, FT, solubiologi, LAPHA (varalla Anna Hyvärinen, LT, erikoislääkäri, Mehiläinen)
• Jussi Koivunen, dosentti, erikoislääkäri, syöpätaudit, Pohde (varalla  Katri Selander, dosentti, erikoislääkäri, syöpätaudit, Pohde)
• Johanna Magga, dosentti, farmakologia, Oulun yliopisto (varalla Jukka Hakkola, professori, farmakologia, Oulun yliopisto)
• Eeva-Riitta Savolainen, dosentti, osastonylilääkäri, NordLab (varalla Katri Pylkäs, professori, lääketieteellinen genetiikka, genetiikan vastuualuepäällikkö, NordLab ja Oulun yliopisto)

Esittelijä 

• Raisa Serpi, dosentti, biopankin johtaja, Pohde (varalla Pia Nyberg, biopankin varajohtaja, dosentti, Pohde)

Sihteeri 

• Anne-Mari Moilanen, FT, biopankin projektipäällikkö, Pohde (varalla Pia Nyberg, biopankin varajohtaja, Pohde)

Suluissa hakemusten jättöajat.  

SYKSY 2024:

22.8. (5.8.)
19.9. (2.9.)
17.10. (30.9.)
21.11. (4.11.)
12.12. (25.11.)

KEVÄT 2025:

23.1. (7.1.)
20.2. (3.2.)
27.3. (10.3.)
24.4. (7.4.)
22.5. (5.5.)
12.6. (26.5.)

Mahdollisuus saada laajoja, laadukkaasti kerättyjä ja säilytettyjä näytemateriaaleja, jotka ovat linkittyneet kliinisiin ja/tai rekisteritietoihin ja kertyvään tutkimusdataan, esim. biopankkeihin palautuneeseen genomitietoon.

• Whole slide imaging , kuvantamisen ja digitaalisen patologian laitteistot ja palvelut
• Monikudosblokkien teko
• Näytteiden käsittely ja analysointi
• Kudosnäytteiden leikkaukset ja värjäykset
• DNA-eristykset
• Tutkimusyhteistyö, erityisesti koskien FMC-aineistoa
• Tutkimusluvituksen ohjeistus ja yhteistyö kansallisten rekisterien lupien osalta
• Biopankkisuostumus- ja hyväksyntäasiakirjojen, näytteiden ja tietojen kerääminen yhteistyössä tutkijoiden kanssa ​
• Näytteiden ja tietojen säilytykseen, hallintaan ja etsimiseen liittyvää infrastruktuuria
• Biopankki Borealis hoitaa OYS-YTA patologian yksikön lasien ja blokkien hakemisen tutkijoiden pyynnöstä biopankkitutkimuksiin. Tämä edellyttää voimassa olevien tutkimuslupien toimittamista biopankkiin. Näytteiden hakupyynnöt toimitetaan sivun alaosassa olevalla Biopankin arkistohakulomakkeella.
•  Palveluiden hinnat perustuvat biopankin hinnastoon. Tiedustelut: Biopankki@pohde.fi